不知道LRR和BAF是什么？没关系，说明还用不上这两个东西，等有需要的时候再来参考本文吧。 还是以鸡的Affymetrix Axiom（Axiom_GW_GT_chicken）芯片为例。其他物种方法相同，仅将芯片注释文件换成相应物种的注释文件即可。

一 准备文件和下载APT软件

1、新建文件夹cel_files，将CEL文件都放入该文件夹内。

2、下载该芯片的解析文件。进入Affymetrix官网，”Products > Microarry Solutions > DNA Analysis Solutions > Agrigenomics Solutions > Arrays > Species > Chicken > Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array > Technical Documents > Library Files”中下载”Axiom Genome Wide Chicken Analysis Files”(约59MB)，下载下来的文件其实是Axiom_GW_GT_Chicken_Analysis.r1.zip。解压为Analysis_r1文件夹，里面的情况大概是这样子的。 analysis_r1

3、下载该芯片的SNP位点的注释文件。”Products > Microarry Solutions > DNA Analysis Solutions > Agrigenomics Solutions > Arrays > Species > Chicken > Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array > Technical Documents >Current NetAffx Annotation Files”，下载CSV格式的注释文件（44MB），实际文件名为Axiom_GW_GT_Chicken.na35.annot.csv.zip。解压后得到Axiom_GW_GT_Chicken.na35.annot.csv文件。

4、下载Affymetrix Power Tools软件包。按计算机系统下载相应版本的APT，目前支持windows、MAC OS和Linux，都是64位的。解压为apt文件夹，apt下的bin文件夹中是编译好的可执行程序，windows请在MS-DOS下使用，linux和mac用户请打开终端。

5、将上述四个文件或文件夹放到工作目录workdir中，文件结构是这样的：

workdir - - apt <directory>
		|
		- - cel_files <directory>
		|
		- - Analysis_r1 <directory>
		|
		- - Axiom_GW_GT_Chicken.na35.annot.csv <csv file>

6、准备celfiles.txt。打开终端执行以下命令。

cd workdir
echo cel_files >celfiles.txt
ls cel_files| sed 's/^/\.cel_files\/&/' >>celfiles.txt

二、Affymetrix Power Tools处理CEL文件

1、 Analysis DQC

./apt/bin/apt-geno-qc 
	-a Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.qca
	-q Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.qcc
	-c Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.cdf
	--chrZ-probes Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.chrZprobes 
	--chrW-probes Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.chrWprobes 
	--target-sketch Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.AxiomGT1.sketch 
	--cel-files celfiles.txt

上述命令等同于，

./apt/bin/apt-geno-qc 
	-xml-file Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken.r1.apt-geno-qc.AxiomQC1.xml
	--analysis-files-path Analysis_r1
	--cel-files celfiles.txt

生成apt-geno-qc.log和apt-geno-qc.report.txt。

2、提取QC后的个体，生成新的qc_celfiles.txt

# R 中执行操作
setwd("workdir")
qc.file<-read.table("apt-geno-qc.report.txt",header=T)
after.qc<-qc.file[qc.file[,"axiom_dishqc_DQC"]>0.82,]
celfiles<-paste0（“./cel_files/”，after.qc[,1])
write.table(celfiles,file="qc_celfiles.txt",col.names="cel_files",sep="\t",quote=F)

3、Analysis QC step1

./apt/bin/apt-probeset-genotype
	--cel-files qc_celfiles.txt 
	--analysis-files-path Analysis_r1
	--xml-file Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken_96orMore_Step1.r1.apt-probeset-genotype.AxiomGT1.xml
	--summaries 
	--write-models

生成apt-probeset-genotype.log,AxiomGT1.calls.txt,AxiomGT1.confidences.txt, AxiomGT1.normalized-summary.txt, AxiomGT1.report.txt, AxiomGT1.snp-posteriors.txt, AxiomGT1.summary.txt文件。

4、提取CALL RATE 大于0.97的个体，生成新的qc2_celfiles.txt

# R 中执行操作
setwd("workdir")
qc2.file<-read.table("AxiomGT1.report.txt",header=T)
after.qc2<-qc2.file[qc2.file[,"call_rate"]>0.97,]
celfiles2<-paste0（“./cel_files/”，after.qc2[,1])
write.table(celfiles2,file="qc2_celfiles.txt",col.names="cel_files",sep="\t",quote=F)

5、Analysis QC step2

./apt/bin/apt-probeset-genotype
	--cel-files qc_celfiles.txt 
	--analysis-files-path Analysis_r1
	--xml-file Analysis_r1/Axiom_GW_GT_Chicken_96orMore_Step2.r1.apt-probeset-genotype.AxiomGT1.xml
	--summaries 
	--write-models

生成apt-probeset-genotype.log,AxiomGT1.calls.txt,AxiomGT1.confidences.txt, AxiomGT1.normalized-summary.txt, AxiomGT1.report.txt, AxiomGT1.snp-posteriors.txt, AxiomGT1.summary.txt文件，会覆盖Step1中产生的文件。

三、根据AxiomGT1.summary.txt计算LRR和BAF。 下载cal_lrr_baf.R。地址：https://github.com/geneticswithme/hello_genetics/blob/master/cal_lrr_baf.R

source("cal_lrr_baf.R")
cal_LRR_BAF(calls.file="AxiomGT1.calls.txt",summary.file="AxiomGT1.summary.txt",annotation.file="Axiom_GW_GT_Chicken.na35.annot.csv", LRR.output.name="LRR.txt", BAF.output.name="BAF.txt")

生成LRR和BAF文件。