和PLINK一样简单好用的SNPTEST

SNPTEST也是一款优秀的GWAS分析的软件。官方说明页面在这里

linux下操作。

1、准备输入文件

还是从PLINK的PED和MAP文件开始。再安利一款格式转化小工具 fcGENE。

./fcgene --ped example.ped --map example.map --oforamt snptest --out output

这样就得到了SNPTEST的输入文件：output.sample和output.gen。对照SNPTEST的输入文件要求，整理sample文件。输入文件可以是 .gen + .sample的形式，也可以是 .bed + .sample。（plink –file example –make-bed –out example，得到bed文件，注意保留fam文件和bim文件在同一路径下。）

2、frequentist association tests

SNPTEST的网页上给了详细的例子。比如这个：

./snptest 
-data example.gen example.sample 
-o ./example/ex.out
-frequentist 1
-method score
-pheno bin1

-frequentist命令可以有参数 1 2 3 4 5（1=Additive, 2=Dominant, 3=Recessive, 4=General and 5=Heterozygote）五种models。 -method命令也有ml em score expected threshold五种参数。

3、shell脚本执行重复操作

如果想把上述例子中的每一种参数的计算都执行一遍，那么就需要敲5*5=25次命令行？

不需要这样。这里写一个简单的shell脚本，利用这个脚本一次性执行多条命令，节省人力。新建文本，命名为snptest_test.sh。文本内容如下：

#! /bin/bash
for k in ((k=1;k<6;k++))
    do
        for i in ml em score expected threshold
            do 
                ./snptest -data example.gen example.sample -o ./output/frequentist_model_${k}_method_${i}.out -frequentis ${k} -method ${i} -pheno bin1
            done
    done

进入linux的终端。并进入输入文件所在目录。

mkdir output  # 新建output文件夹，snptest_test.sh脚本将计算结果都放在这个文件夹中
chmod +x snptest_test.sh
./snptest.sh

好了，正常情况下终端就开始刷屏计算了。