来自gettinggeneticsdone(blogspot)上的一段ManhattanPlot的R代码,稍加修改了一下以方便自己的使用。blogspot被墙了,所以没去找原作者的Rscript地址。</br>
我弄得修改版在这里。
https://github.com/geneticswithme/hello_genetics/blob/master/manhattan_z.R
加载上manhattan这个函数后,就可以直接使用这个函数对PLINK关联分析结果文件作manhattan图。
这里我随机生成一个assoc数据框,以解释manhattan这个函数的使用。</br>
manhattan这个函数的输入必须为dataframe,且包含“CHR”,“SNP”,“BP”和“P”这四个header。
#哈哈~~没有显著位点(演示数据而已~)