数据清洗/质量控制</br> 质控这一步剔除低质量的SNP和样本，一般对以下两个方面进行质控：</br> （1）样本质控：剔除SNP检出率过低的样本，一般剔除分型率低于90%的样本，--mind 0.1</br> （2）SNP质控：剔除检出率过低的SNP，一般剔除SNP call rate低于90%的SNP，--geno 0.1；剔除最小等位基因频率MAF低于0.05的SNP，--maf 0.05；剔除严重偏离哈代温伯格平衡的SNP，--hwe 1e-5

quality filters:</br> SNP call rate < 90%</br> Individual call rate < 90%</br> HWE pvalue < 1e-5</br> MAF < 0.01

根据上述条件，利用PLINK进行质控：

#在windows下打开cmd，输入
plink --file test --maf 0.01 --mind 0.1 --geno 0.1 --hwe 1e-5  --make-bed --out test_qc
#质控后的数据，改写成二进制格式，命名为test_qc。

得到文件test_qc.bed，test_qc.bim和test_qc.fam，留下作为后续分析的输入文件。