PLINK软件输入文件的常见格式类型:</br>
1,一般格式:PED/MAP</br>
2,转置格式:TPED/TFAM</br>
3,二进制格式:BED/BIM/FAM</br>
几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式,读取速度快。BED文件包含SNP数据,是二进制格式,不能由Notepad++等文本编辑器打开。BIM文件包括SNP位置信息,FAM文件包括家系表型信息,这两种文件都是文本格式。
PED文件格式:
例如:</br>
fam1 id1 fid mid 1 1 A T G G</br>
fam1 id2 fid mid 2 1 A T C G</br>
MAP文件格式:
MAP文件中染色体编号是根据人类染色体设计的:</br>
1-22:常染色体</br>
23:X染色体</br>
24: Y染色体</br>
25:XY染色体拟常染色体区</br>
26:线粒体</br>
PLINK1.07中--sheep
,--cow
,--horse
,--mouse
,--dog
,可以根据这几种的动物基因组设置染色体编号。</br>
读取绵羊SNP数据可以用plink --file test --sheep
PLINK1.09中--chr-set 26
,设定1-26号染色体为常染色体,27号为X染色体,28号为Y染色体。
输入文件格式彼此转换的方法:</br>
1、PED/MAP 转换为TPED/TFAM格式
2、TPED/TFAM转化为PED/MAP文件
3、生成二进制格式输入文件
4、二进制格式转为PED/MAP或TPED/TFAM
其他格式转换命令:</br>
--recodeAD
,SNP编码成加性显性模式,以0、1、2编码SNP,NA为缺失值;</br>--recode12
,SNP编码为数字1或2,缺失值为0.